Все суда, прибывающие из-за границы и убывающие за границу, перевозимые на них грузы, предметы материально-технического, продовольственного и иного снабжения, а также личные вещи, валюта и валютные ценности членов экипажей и пассажи­ров подлежат таможенному оформлению и таможенному контролю.

Государственный таможенный контроль за иностранными и российскими судами осуществляется на основании Таможенного кодекса Российской Федерации, указов и распоряжений Президента, постановлений Правительства Российской Федерации, Кодекса торгового мореплавания, «Конвенции по облегчению международного морского судоходства» 1965г., иных международных норм, нормативных актов ГТК России, «Обязательных постановлений МАП».

Оформление прихода и отхода судов, а также контроль за судами во время их стоянки в порту осуществляется специальной комиссией.

В состав комиссии входят:

• Сотрудники Федеральной пограничной службы ОКПП.
• Сотрудники таможни.
• Врач Центра государственного санитарно-эпидемиологического контроля на транспорте.
• Врач Федерального Государственного учреждения Госветнадзора на Госгранице РФ и транспорте.
• Сотрудник пограничной Госинспекции по карантину растений.

Кроме того, в состав комиссии по согласованию с сотрудниками ОКПП и таможни могут входить представители других служб.

Таможенное оформление и контроль судов, судовой команды и пассажиров производится после санитарного осмотра. До окончания санитарного осмотра и спуска карантинного флага вход на судно кому-либо не разрешается. Подача заявок на оформление всех судов осуществляется агентирующей фирмой. В заявке указываются следующие сведения:

• Название агентирующей фирмы.
• Наименование судна.
• Флаг.
• Время прохождения лоцманской станции при приходе судна.
• Номер причала, район порта, откуда судно будет отходить (при оформлении на отход), или куда будет судно швартоваться (при оформлении на приход).
• Наименование груза (без груза).
• Последняя страна, порт захода.
• Фамилия агента, подавшего заявку.

В порту все суда загранплавания находятся под таможенным контролем. Всякое изменение места стоянки судна (перешвартовка) осуществляется только с ведома и по согласованию с таможенным органом.

Запрещено причаливание к судам, находящимся под таможенным контролем, без разрешения таможенного органа, а также запрещена передача с борта на берег каких-либо предметов.

Должностные лица таможенных органов имеют право в любое время суток подниматься на борт судна для выполнения ими служебных обязанностей. Капитан судна обязан представить им все требуемые для проведения таможенного контроля документы. В случае необходимости, по требованию должностного лица таможенного органа судовая администрация обязана предоставить в его распоряжение бытовые и служебные помещения необходимые для выполнения им служебных обязанностей.